Có nhiệm vụ:

1. Nghiên cứu phương pháp luận, xây dựng cơ sở khoa học nghiên cứu môi trường và sinh thái biển.
2. Điều tra, quan trắc, đánh giá hiện trạng và dự báo diễn biến môi trường biển dưới tác động của các hoạt động kinh tế – xã hội.
3. Nghiên cứu năng suất sinh học, các quá trình chuyển hóa vật chất và năng lượng trong hệ sinh thái biển.
4. Nghiên cứu, triển khai công nghệ và cung cấp các dịch vụ về môi trường và sinh thái biển.
5. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Viện.

Phòng  gồm 11 cán bộ khoa học, trong đó:

• 03 Tiến sỹ
• 07 Thạc sỹ
• 01 Cử nhân