1. Nghiên cứu đặc điểm sinh học cơ bản làm cơ sở cho sản xuất giống và nuôi thương phẩm sinh vật biển có giá trị.
2. Nghiên cứu công nghệ sản xuất giống và nuôi thương phẩm một số loài sinh vật biển.
3. Nghiên cứu dinh dưỡng động vật nuôi thủy sản, ứng dụng các chất có hoạt tính sinh học trong nuôi trồng và quản lý sức khỏe động vật thủy sản.
4. Nghiên cứu các luận chứng khoa học nhằm phát triển nuôi trồng thủy sản bền vững.
5. Nghiên cứu công nghệ thu hoạch và sau thu hoạch các sản phẩm thủy sản.
6. Nghiên cứu phát triển công nghệ chế biến các sản phẩm thực phẩm, mỹ phẩm, dược phẩm và sản phẩm phục vụ nông nghiệp từ nguồn tài nguyên sinh vật biển.
7. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Viện trưởng.

Phòng Công nghệ Nuôi trồng và Chế biến gồm 10 cán bộ khoa học, trong đó:

• 04 Tiến sỹ
• 05 Thạc sỹ
• 01 Cử nhân