Phân viện Hải dương học tại Hải Phòng có chức năng thực hiện các nghiên cứu và điều tra cơ bản; phát triển công nghệ; triển khai và ứng dụng các kết quả nghiên cứu khoa học, công nghệ; tư vấn và thực hiện các dịch vụ khoa học, công nghệ về các lĩnh vực tài nguyên, môi trường biển; đa dạng sinh học, các hệ sinh thái; bảo tồn biển; địa chất biển; kinh tế môi trường biển khu vực Vịnh Bắc Bộ và vùng biển phía Bắc.

1. Điều tra, nghiên cứu cơ bản về tài nguyên môi trường biển, đa dạng sinh học, nguồn lợi sinh vật, bảo tồn biển, các hệ sinh thái khu vực Vịnh Bắc Bộ và vùng biển phía Bắc;
2. Nghiên cứu đánh giá hiện trạng, xu thế biến đổi của các quá trình động lực, môi trường biển, địa chất, biến đổi khí hậu khu vực Vịnh Bắc Bộ và vùng biển phía Bắc;
3. Ứng dụng, phát triển, tư vấn và chuyển giao các kết quả nghiên cứu khoa học trong các lĩnh vực có liên quan đến tài nguyên và môi trường biển;
4. Quản lý và phát triển Bảo tàng Hải dương học Đồ Sơn;
5. Thực hiện các nhiệm vụ khác do Viện trưởng Viện Hải dương học giao.